Por lo que cuentas tiene pinta de que puedes tener acortado los isquiotibiales y el psoas.
Estos músculos suelen acortarse bastante en la gente que trabaja mucho tiempo sentado y, encima, si corres y no los estiras bien pues el acortamiento se agrava más.
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Tema isquiotibiales
Si no sabes hacer los tests para saber si están acortados los isquios, te recomendaría visitar a un fisio.
Si es este tu problema pues a empezar a estirar bien y tener paciencia pues tardarás un tiempo en conseguir flexibilidad.
Un saludo y espero te sea de ayuda.