No dices el tipo de pie que tienes. Pero por la zona en la que indicas la herida parece que es prácticamente plano. Lo primero es que veas el tipo de pie. Por ejemplo aquí
Tipo de pie
Si tu pie es plano o casi plano creo que el problema es de la zapatilla. Si la zapatilla es estrecha de suela, esa zona va chocando continuamente al correr con el borde de la zapatilla y llega a producir ese tipo de heridas. A mi me pasó una vez con las Adidas Supernova que son super estrechas y las tuve que dejar.
Pero desde luego lo primero es que estudies que tipo de pisada tienes pues es fundamental para comprar la zapatilla.
Un saludo.